Babamın Kemikleri, yıllar sonra memleketine geri dönen bir adamın hikayesini anlatıyor. Ömer, yıllar önce yaşadığı utanç verici olayın ardından köyünü terk eden bir adamdır. Ömer, çocuk yaşta ayrıldığı köyüne bir daha geri dönmemeye ant içmiştir. Kendisine aile kuran, baba olan Ömer, yaşadığı trajik olayı kimseyle paylaşmaz. Ölüm döşeğinde olan annesinin vasiyet ise Ömer’in hayatını alt üst eder. Annesi, oğluna öldüğünde kocasının yanına gömülmeyi vasiyet eder. Ancak bunun olmasına imkan yoktur çünkü Ömer köye gitmeyi kabul etmez. Bunun üzerine annesi, kocasının kemiklerini getirmesini ister. Ömer hiç istemese de annesinin vasiyetini yerine getirmeye karar verir. Oğlunu da yanına alan Ömer için köye gitmek hiç de kolay olmayacaktır.