Filmin uyarlandığı Labirent: Son İsyan kitabının son bölümünde Thomas her şeyini kaybeder. Kayranlı dostlarını, hayatını, anılarını… Son bir testin ardından deney tamamlanmıştır. Thomas, İsyan Organizasyonunun kendisine söylediklerine itimat etmemeye başlar. Çünkü onların söylediklerinden çok daha fazlasını hatırlamaktadır. Thomas labirenti yenmiş, Alev Deneyini geçmiş ve şimdi arkadaşlarını kurtarmak için akıl almaz bir mücadele içine girecektir.