Kehanet Ayasofya, paranormal olayları araştıran iki gencin yaşadıklarını konu ediyor. Fatih ve Muhammed, paranormal olayları inceleyen iki gençtir. Bir gece Fatih ve Muhammed aynı zamanda evlerinin önünde kim tarafından gönderildiği bilinmeyen gizemli bir kutu bulur. İpuçlarını araştırmaya başlayan ikilinin yolu eski bir sahaf ile kesişir. Sahaftaki kitaba göre iki genç, dünyadaki kötülüğü durdurmak için seçilen iki kişidir. Onların görevleri ise üç büyük dinde de geçen "Ahit Sandığı"nı bulmaktır. Ancak sandığın peşinde olan sadece onlar değildir. Dünyada kötülüğü temsil eden kişiler de sandığın peşindedir.